Bereits in den späten 1970er- und frühen 1980er-Jahren bearbeitete Burckhardt in Deutschland grössere Projekte im Industriebau. Die Präsenz im wachsenden deutschen Bausektor zu verstärken, war eine strategische Entscheidung. Folgerichtig wurde 1989 die Tochtergesellschaft Burckhardt+Partner GmbH im benachbarten Grenzach-Wyhlen (D), gleich hinter der deutschen Grenze, gegründet.
Eine wichtige Rolle spielte dabei, dass grosse Auftraggeber wie die EMS-Chemie Holding AG, damals noch im Besitz des Unternehmers und späteren Schweizer Bundesrates Christoph Blocher, ebenfalls in der Region tätig waren. Die Burckhardt+Partner GmbH realisierte schnell grössere Projekte, darunter ein Produktionsgebäude mit Hochregallager für die Otto Suhner GmbH in Bad Säckingen oder einen Bürokomplex für Endress+Hauser in Weil. Unter Geschäftsführer Rolf Rode wuchs das Team bald auf 30 Mitarbeitende an.
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Um nach der deutschen Wiedervereinigung vom einsetzenden Bauboom zu profitieren, wollte Burckhardt nun auch in der neuen Hauptstadt vertreten sein. In den 1990er-Jahren beteiligte sich die Burckhardt+Partner GmbH an der Niederlassung des Schweizer Ingenieurbüros Emch+Berger in Berlin. Als Burckhardt, Emch und Berger wurde die Sanierung des Bendlerblocks realisiert. Dieser ist der Sitz des Bundesverteidigungsministeriums und umfasst die Gedenkstätte Deutscher Widerstand, die an Menschen und Gruppen erinnert, die sich gegen den Nationalsozialismus auflehnten. Nachdem die Zusammenarbeit mit Emch+Berger in Berlin jedoch nicht den erwarteten langfristigen Erfolg brachte, veräusserte Burckhardt die Anteile nach kurzer Zeit wieder.
1993 wurde in Berlin das Architekturbüro Reiner Becker Architekten BDA GmbH gegründet, das im Bereich Wissenschaftsbau tätig war und diverse Auszeichnungen erhielt. 2017 integrierte Burckhardt das Büro mit rund 20 Mitarbeitenden als weitere deutsche Tochterfirma. Mitte 2020 schied Reiner Becker als Geschäftsführer aus. Auf ihn folgten Carsten Krafft und 2022 zusätzlich Daria Grouhi, die den Standort seitdem gemeinsam führen.
2020 erfolgte der Zusammenschluss der beiden deutschen Tochtergesellschaften zur Burckhardt Deutschland GmbH, die weiterhin Standorte in Grenzach und Berlin unterhält. Zu den Schwerpunkten des Berliner Teams gehören Wissenschaft-, Forschungs- und Hochschulbauten, häufig für renommierte Institutionen wie die Max-Planck-Gesellschaft. Burckhardt konnte sich auch in der deutschen Architekturlandschaft etablieren und beschäftigt aktuell (Stand Ende 2024) über 70 Mitarbeitende mit weiter steigender Tendenz.
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